至此，征讨长州之战已经陷入僵局。

期间，菲里的巨熊军团和祥瑞号一直滞留江户，颇受殖民地当局和幕府的冷遇，进退两难。

4马关之战

当幕府军在陆地上屡屡受挫之际，佩里提督率领的远东舰队，却在海上取得了重大突破。

6月份，在长洲藩的海防重镇马关要塞，佩里提督顺利歼灭了叛军舰队，并且发兵登陆。在捣毁了马关炮台之余，还进一步向内陆挺进。从而配合坚守春田庄的贱民武装，以及正面战线上的幕府军，顺利撕开了叛军的边境防线，一时间基本收复了长洲藩全境。

长州藩叛军残部被迫退入山区，依托地形继续与幕府军周旋，短时间内仍然难以肃清。

接下来，佩里提督又率领舰队扬帆南下，前去惩戒和炮击与长州藩叛党勾结的萨摩藩，并且给统治这个藩国的岛津家造成了惨重损失，鹿儿岛城下町几乎沦为废墟。

5京都事变

7月，本次倒幕战争的最大幕后策划者，京都的仁孝天皇终于正式出手，通过设置在皇宫内的传送门，从千里之外突然调来了3000萨摩藩军队，配合京畿地区的佛寺僧兵，顺利掀起了夺取京都之战。

留驻京都的少量幕府机关，很快就被这支从天而降的奇兵打垮。但恰逢首席老中三井银次从长州藩前线带了一万多军队回来休整，结果正赶上京都大乱，于是立即投入镇压。

由于兵力上的差距，倒幕军很快陷入不利局面。在幕后支持天皇的龙巫教见状，只得仓促搭建了又一扇无防护措施的临时传送门，并且忽悠萨摩藩岛津怒志，带着全部20000萨摩军前来京都战场——在顺利击败幕府军之后，也让这些浑然不知的萨摩勇士，全都染上了无药可救的辐射病，只有几个月可以活了。

战后，一万多幕府新军彻底覆灭，首席老中三井银次只身逃入根据地大阪城，宣布无限期戒严，并且封锁了陆上对外交通。京畿地区的大小领主与寺院神社，无论内心想法如何，是否虚与委蛇，多半都各自派遣了使者，携带厚礼前往京都，向朝廷方面接洽输诚。

受到此次胜利的激励，各种乱七八糟名目的倒幕组织，在近畿地区仿佛雨后春笋一般迅速冒了出来，既让人看得眼花缭乱，也使得治安水平霎时间滑落到了崩溃的境地……无论是否得到过朝廷的承认，这些趾高气扬的“倒幕志士”，基本上都是在靠打家劫舍过日子，某些胆子特别大的，甚至敢勒索到诸侯头上。

——江户幕府对近畿及其以西地区的统治，在顷刻间土崩瓦解，长州叛军死灰复燃。

接下来，幕府的江户大本营，也发生了变故。

6江户旗本武士骚乱

在9月的江户城内，因为阵亡军人的抚恤金被过手官吏们大肆贪污，每户人家3贯钱（3000文）硬是被克扣到了2文钱，于是激起了军人遗属的愤怒。而城内的旗本武士，又因为幕府军费开支浩大，被连续几个月拖欠发放俸禄，生活无以为继，也跟着一起闹腾了起来，气势汹汹地赶往将军城堡“恶意讨薪”，沿路烧杀劫掠、淫辱妇女，无恶不作，把江户城糟蹋得乌烟瘴气。