此外，这个时候的耐色瑞尔帝国已经南北分裂，而南军还向东瀛派遣了一支干涉部队，给幕府添乱。

2熊野滩海战

3月，奉命征讨长州的各路幕府军相继发动。多年未曾经历过大规模战事的江户幕府，将此次征伐长州之战，当成了新武器、新军制和新战术的试验场。

按照幕府方面制订的作战计划，德川家鸣将军预定会和幕府军预备队一起，坐镇大坂城“督战”。同时，幕府的首席老中三井银次自封为前线总指挥，于广岛设立大本营。总数多达十余万的诸藩联军被分作四路，从小仓、艺州、大岛、石州四个关口，对长州藩叛党同时发动全面攻击。

而拥有11艘战舰的幕府舰队，则作为第五路“奇兵”，护送商船运载7000幕府新军，预定走海路运动到长州藩的首府荻城登陆，执行蛙跳战术，在敌境腹地中心开花，一举捣毁叛军的抵抗意志和作战能力。

然而，这支舰队才抵达距离战场尚远的和歌山藩熊野滩锚地，就在夜间遭遇倒幕武装收买的海盗船袭击，经过一夜奋战，11艘幕府军舰相继沉没，运输陆军的商船队也在之后被逐一击沉——于是，这支预备在关键时刻投入平叛战场的杀手锏，上万名号称最为精锐的幕府海陆军战士，此刻却连长州藩的边境都还没有摸到，便在一次莫名其妙的偷袭之中，满头雾水地于熊野滩锚地先后葬身鱼腹。

在熊野滩海战结束之后不久，菲里的祥瑞号便抵达此地，并且救起了若干幸存者，将他们护送回江户。

同时，为了填补幕府舰队覆灭之后的海防空白，佩里提督率领远东舰队匆忙出征，与菲里擦肩而过。

3长州藩拉锯战

从3月到5月，各路幕府军与长州叛军频繁交火，但由于幕府军的构成紊乱、内耗激烈，尽管拥有绝对的兵力优势，但仍然无法在战场上取得胜利。

比较公允地说，江户幕府此次大张旗鼓所策划的西征长州之战，根本就是一场由外行人拍板，窝囊废执行，阴谋家搅局，最后让所有人都只能啼笑皆非的仆街闹剧。

为了炫耀幕府的庞大实力，而勉强拼凑起来的五路浩荡大军，根本就是五帮彻头彻尾的大杂烩，并且在攻入长州藩境内之前，就已经被对手给抢先击溃了两路……而剩下的三路攻击部队，也被绯月宗一郎率领的长州叛军，在生野银山等地屡屡击破，被打得狼狈不堪。

再接下来，又爆发了北九州小仓藩兵败陷落、幕府西路军彻底瓦解、萨摩藩发布反战公告、朝廷示意两家休兵、京畿地区抢米骚动、西部诸藩普遍抵制征兵、幕府南路军内讧哗变……等一系列噩耗。

如此一来，对于江户幕府下发的征兵令，近畿和西国各藩均是疑虑重重，几乎是想尽了一切办法推委搪塞，惟恐被推上前线打头阵，消耗掉自家兵力。

因此，江户幕府一力推动的此次讨伐长州之战，非但没能和预想中的情况一样，通过一次干净利落的胜利，再次于全国范围内重新塑造起幕府的绝对权威，反倒是搬起石头砸了自己的脚，把自家光鲜外衣之下的种种沉疴痼疾，都毫无遮掩地暴露在了世人眼前……

但长州叛军的主要兵力，同样也被拖在了藩国境内的春田庄——这里被政变之前的旧藩主残党，一支贱民武装控制，长州叛军久攻不下。因此，在扫除这一心腹大患之前，是无力对外发动大规模反击的。