由于军机院的设立，人员变动较大，随之周云对六柱将军府也进行了调整。

北柱将军府由郭绍任都督，副将惠登相，李过养子李来亨，王奇。

南柱将军府维持人员不变。

西柱将军府由金声桓任都督，副将罗洪，郝摇旗，吴景明。

东柱将军府由高一功任都督，副将马进忠，刘体纯，程铁牛。

中柱将军府由王石虎任都督，副将党守素，卢鼎，秦文君。

上柱将军府由岳明轩任都督，副将岳镇邦，卢光祖，于大忠。

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周云在人员调整的同时对军队进行了整编。

取消原来各军的以府名命名的番号，统一为以省区域命名，将各军进行整合。

北柱将军府下辖晋云军，北云军，辽云军，骑兵两万，共计十万大军。

南柱将军府下辖赣元军，桂云军，粤云军，长江水师一万，共计十万大军。

西柱将军府下辖秦云军，陇云军，川云军，山地步兵一万，骑兵一万共计十万大军。

东柱将军府下辖苏云军，浙云军，鲁云军，闽云军，加骑兵两万，江南水师一万，合计十五大军。

中柱将军府下辖豫云军，鄂云军，湘云军，加骑兵一万共计十万大军。

上柱将军府下辖皖云军，火炮军一万，共计四万大军。

周云亲辖亲卫营骑兵五千，亲卫营火器兵五千，共计一万。

裁撤掉原来大顺军与南明军队中的老弱后，夏军野战军约五十九万兵马。

另外周云将侯贵的内卫司中的黑云卫分离出来，将其扩充到五万，分驻各省负责征剿匪盗，协助地方维持秩序，与各省巡抚衙门双重管理。

将韩永年的巡检司扩充到四万，分驻各省负责设卡征税，打击不法，沿途货物护送，驿站管理等。

在汝阳城，周云在改革军政的同时，也开启了教育革新的征程。

他下令恢复科举，在汝阳城兴办大夏国子监，于归德府的商丘城创办大夏讲武堂，又在泽州建起大夏工学院。

一时间，整个大夏都涌动着一股焕然一新的气象。