入桂先遣支队的初步作战计划虽然完成了拟定，但广西大地依旧还是笼罩在暂时的和平之中，至少，日军暂时还没有任何动作起来的迹象，而桂林行营方面虽然将入桂先遣支队这一生力军部署在了南宁，但其对于日军在桂南方向的可能登陆攻击作战的战略预判上却是依旧倾向于日军会从广州湾登陆进而攻击柳州，而对于日军从钦州一线登陆这一可能性却依然保持着否定态度。

至于原因嘛，则是桂林行营方面认为日军的兵力不足，因而不会直接从钦州登陆，深入桂南腹地。

就在国军方面将战略防御中心放在广州湾时，磨刀霍霍的日军也开始了行动，将对中国广西发起攻势登陆作战的战略提上了日程，而不幸的是，日军此次行动的战略目标却恰恰与国军方面的预测相反，国军方面无比重视的广州湾被日军完全无视，相反，却选定了被国军摆在次要地位的钦州湾以及南宁作为攻势作战的目标。

早在9月13日，新任日军参谋本部作战部长的富永恭次少将，即根据当前欧亚的局势以及中国战场的状况，提出了以海军掩护陆军登陆，攻击钦州湾、南宁，封锁我国与法属越南的通道和物资进口的作战设想。

按照这一作战设想，借由对南宁的攻略，一方面可截断中国之对外交通，一方面又能在华南获取对中国内陆攻击之航空基地，总之，如若能攻占南宁，对于日军的全盘战略将大有裨益。

随之，日军大本营颁布《大陆令第375-号》，作出如下指示:

一、大本营企图加强对敌方西南补给路线截断之行动。

二、（中国)派遣军总司令官应与海军联合以一部兵力迅速截断沿邕宁—龙州道一带之敌方补给线。

三、前项作战部队之作战区域，概定为邕宁．龙州以南。

在确定了在钦州湾发起登陆作战的战略目标后，日军大本营向在华最高军事指挥机关“中国派遣军”第21军，下达了以陆海军协同，攻占钦州湾、南宁、镇南关、龙州的命令，并拟定了由刚从青岛调至东北，准备参加诺门罕作战的日本陆军第5师团担任此次作战的主力。

除此之外，日军方面还以驻扎在本土的日本陆军近卫师团下属近卫第1旅团为基干，加强了特种装备之后编组成的近卫混成旅团编入此次攻略作战的战斗序列。

而负责输送陆军部队，掩护日本陆军部队登陆的海军部队则为日本海军第2遣支舰队和第3联合航空队。